Hopp til innhold

Sesongskifter i mikrobiomet ble ikke fulgt av påvisbare endringer i plantedietten hos feralduer i Groningen

Feral pigeon walking on grass

Frittlevende feralduer i Groningen, Nederland viste sesongendringer i bakteriesamfunnene i kloakken selv om forskerne ikke fant noe bredt sesongskifte i den målte plantedietten. Studien sammenlignet duer prøvetatt vinter og sommer 2019 på tre urbane og forstadsnære lokaliteter, og temperatur var fortsatt knyttet til mikrobiomsammensetningen når prøvelokalitet ble tatt med i analysen.

Feralduer er den forvillede, domesticerte formen av klippedue (Columba livia). Tarmmikrobiomet er samfunnet av mikroorganismer som er knyttet til fordøyelsessystemet, der mikrober blant annet kan påvirke fordøyelse, immunforsvar og annen fysiologi. I denne studien ble bakteriesamfunnene prøvetatt med kloakksvabere, mens DNA fra føden ble hentet fra avføring.

DNA-metodene målte bakterier og føde på ulike måter

Forskerne brukte 16S rRNA-gensekvensering for å kartlegge bakterier. Metoden leser et genområde som varierer mellom bakteriegrupper og kan dermed vise hvilke bakterievarianter som finnes og hvor stor del de utgjør av en prøve. Etter kvalitetsfiltrering bygget mikrobiomanalysene på 63 duer: 30 fra vinteren og 33 fra sommeren.

Kostholdet ble rekonstruert med DNA-metastrekkoding, der korte DNA-markører fra matrester i avføringen forsterkes og sammenlignes med referansedatabaser. Primerne som skulle fange opp dyrisk føde ga for få pålitelige målsekvenser til kvantitative sammenligninger, så de videre kostholdsanalysene fokuserte på planter. Studien testet dermed sesongendringer i den målte plantedietten, ikke alle bestanddeler i alt duene spiste.

Bakterierikdommen var vanligvis lavere om vinteren, men mønsteret varierte mellom lokaliteter

Den observerte bakterierikdommen – antallet ulike bakterielle sekvensvarianter som ble funnet i en prøve – var samlet sett lavere om vinteren. Sesongeffekten var likevel ikke lik på alle tre lokalitetene. På Vismarkt i sentrum var rikdommen faktisk høyere om vinteren enn om sommeren, noe som viser at lokale forhold påvirket det overordnede sesongmønsteret.

Også hvilke bakterier som var til stede endret seg med årstiden, og analyser av den relative sammensetningen støttet en sesongforskjell. Actinobacteria utgjorde en mindre andel om sommeren enn om vinteren, mens Lactobacillus og Enterococcus var mindre tallrike om vinteren. Det var samtidig betydelig variasjon både mellom enkeltfugler og mellom lokalitetene.

Ingen bred sesongendring ble påvist i plantedietten

Plantedietten var dominert av grasfamilien, erteblomstfamilien og kurvplantefamilien i begge årstider. På samfunnsnivå fant forskerne ingen sesongforskjell i hvilke plantetaksa som ble spist, selv om enkelte taksa – blant annet hvete og rapp – forekom oftere i sommerprøvene.

Direkte sammenligninger fant heller ingen påvisbar sammenheng mellom den målte plantedietten og bakteriesammensetningen i kloakken. Temperatur, lokalitet og kjønn var knyttet til mikrobiomsammensetningen i den avstandsbaserte analysen, og temperatur var fortsatt assosiert med mikrobiomet når lokalitet ble kontrollert for. Dette er en sammenheng, ikke et årsaksforsøk: Studien manipulerte ikke temperatur og viser derfor ikke at temperatur i seg selv forårsaket bakterieendringene.

Kostholdsmetoden kan ha oversett ernæringsmessig viktige forskjeller

Forfatterne understreker at en stabil liste over plantetaksa ikke nødvendigvis betyr at fuglene spiste ernæringsmessig identisk føde i begge årstider. Duene kan for eksempel ha spist frø om én årstid og blader eller blomster om en annen, og slike plantedeler skiller seg i innhold av karbohydrater, fett, protein, fiber og sekundære plantestoffer. Metastrekkodingen som ble brukt kunne ikke skille disse plantedelene.

Valideringstester viste også at sterkt bearbeidet menneskemat som brød og pommes frites kunne bli undervurdert av DNA-metoden. Sekvensene fra dyrisk føde var for få til kvantitativ analyse. At forskerne ikke fant et sesongskifte i dietten betyr derfor at de ikke fant et bredt skifte i den plantekomponenten metoden målte – ikke at hele næringsinntaket nødvendigvis var identisk.

Sesongmiljøet er fortsatt en mulig forklaring

Forfatterne foreslår to mekanismer som ikke utelukker hverandre. Mikroorganismer fra jord, luft eller vann kan komme inn i fordøyelsessystemet når fuglene spiser og drikker, mens temperatur og andre sesongforhold kan endre fysiologien hos verten på måter som favoriserer ulike bakteriesamfunn.

Studien målte ikke mikroorganismer i miljøet, immunfunksjon eller andre fysiologiske mekanismer og kan derfor ikke skille mellom disse forklaringene. Kloakksvabere kan dessuten inneholde signaler både fra den bakerste delen av tarmen og fra urin- og kjønnsveiene, og representerer derfor ikke nødvendigvis hele tarmmikrobiomet. Resultatene viser sesongvariasjon i mikrobiomet som er knyttet til miljøforhold, mens selve mekanismen fortsatt er uavklart.

Om innholdet: Denne saken er produsert med KI-assistanse i en redaksjonell arbeidsflyt utviklet av Wildlife Vagabond. Det redaksjonelle ansvaret ligger hos Wildlife Vagabond.Slik brukes KI

Sykdom, parasitter & mikrobiologi

ARTER I SAKEN

Arten i saken

Klippedue Columba livia Utforsk arten

Uavhengig nyhetsarkiv for forskning og naturvern

Var denne informasjonen nyttig?

Wildlife Vagabond er utviklet og vedlikeholdt uavhengig. Frivillig støtte bidrar til kildekontroll, drift og videre arbeid med forsknings- og naturvernnyheter.

Støtt Wildlife Vagabond

Nyhetsarkivet forblir fritt tilgjengelig.