Hopp til innhold

Bærbar sekvensering gjorde det mulig å lage et genom på kromosomnivå for ørkenkuskepisksnok

Red coachwhip with its head raised among dry grass south of Santa Fe, New Mexico
Forskning · Genetikk & genomikk

Forskerne satte sammen kjernegenomet og mitokondriegenomet til en hann av ørkenkuskepisksnok (Masticophis piceus) ved bare å bruke data fra nanopore-sekvensering. I artikkelen er individet ført under den eldre kombinasjonen Masticophis flagellum piceus, ofte kalt red coachwhip. DNA-et kom fra en trafikkdrept slange samlet inn i det sørlige Nevada, og sekvenseringen ble gjennomført i et simulert mobilt laboratorium med bærbart utstyr og en bærbar datamaskin.

Kjernegenomet oppnådde 97,7 % BUSCO-fullstendighet

Kjernegenomet besto av 1,61 milliarder basepar. Nesten alt det sammensatte DNA-et kunne ordnes i 18 sekvenser på kromosomnivå: åtte makrokromosomer og ti mikrokromosomer. Bare en liten rest ble stående uten plassering. Genomet oppnådde en BUSCO-fullstendighet på 97,7 %, som betyr at 97,7 % av et standardsett med bevarte gener som forventes i denne gruppen, var representert.

Genomannoteringen — arbeidet med å identifisere sannsynlige gener og andre funksjonelle områder i den sammensatte sekvensen — identifiserte 19 832 loci, blant dem 18 025 proteinkodende gener. Forskerne satte også sammen et mitokondriegenom på 17 119 basepar med 13 proteinkodende gener, 22 gener for transport-RNA og to gener for ribosomalt RNA.

Genom på kromosomnivå med bærbar nanopore-sekvensering

Forskerne brukte de lange nanopore-sekvensene til å sette sammen genomet og et genom fra en beslektet slangeart som støtte for å ordne sekvensdelene langs kromosomene. Resultatet ble 18 sekvenser på kromosomnivå, mens de små delene som fortsatt ikke kunne plasseres, utgjorde bare en svært liten del av sammenstillingen. DNA som ble isolert i felt ga de lengste sekvensene, men det måtte senere gjøres flere DNA-isoleringer for å få tilstrekkelig sekvensdybde. Bioinformatiske analyser ble gjennomført både lokalt og via fjernforbindelse.

Forfatterne framhever arbeidsflyten som et eksempel på at genomsekvensering av virveldyr i høy kvalitet kan desentraliseres og gjøres mer mobil, samtidig som databehandling og dataoverføring fortsatt er praktiske flaskehalser for fullt feltbasert genomarbeid.

Kilder og bildekreditering

  1. Scott, A. F., & Mohr, D. W. (2026). A nanopore-only assembly of a nuclear and mitochondrial genome of a red coachwhip (Masticophis flagellum piceus). Genes, 17(3), 307. https://doi.org/10.3390/genes17030307Primary peer-reviewed open-access article published 4 March 2026 under CC BY 4.0. It reports a 1.61-Gb chromosome-level nuclear assembly with eight macrochromosomes and ten microchromosomes, 97.7% BUSCO completeness, 19,832 annotated loci including 18,025 protein-coding genes, and a 17,119-bp mitochondrial genome.

Bilde: SantaFeLady — ørkenkuskepisksnok fotografert sør for Santa Fe, New Mexico, 11. mai 2016; Wikimedia Commons; representativt artsbilde, ikke det sekvenserte individet · CC BY-SA 4.0 · Kilde

Om innholdet: Denne saken er produsert med KI-assistanse i en redaksjonell arbeidsflyt utviklet av Wildlife Vagabond. Det redaksjonelle ansvaret ligger hos Wildlife Vagabond.Slik brukes KI

Genetikk & genomikk

ARTER I SAKEN

Arten i saken

Ørkenkuskepisksnok Masticophis piceus Utforsk arten

Uavhengig nyhetsarkiv for forskning og naturvern

Var denne informasjonen nyttig?

Wildlife Vagabond er utviklet og vedlikeholdt uavhengig. Frivillig støtte bidrar til kildekontroll, drift og videre arbeid med forsknings- og naturvernnyheter.

Støtt Wildlife Vagabond

Nyhetsarkivet forblir fritt tilgjengelig.