Hopp til innhold

Darwin Tree of Life publiserte to haplotypebaserte genomsammenstillinger for skjærpiplerke

Rock pipit at Hornøya, Finnmark, Norway
Forskning · Genetikk & genomikk

Darwin Tree of Life registrerte to separate genomsammenstillinger for skjærpiplerke (Anthus petrosus) 26. juli 2026. Ressursen bAntPet1 representerer haplotype 1 og haplotype 2 fra det samme sekvenserte individet.

En diploid fugl har to kopier av hvert kromosom, én arvet fra hver forelder. De to sammenstillingene holder disse nedarvede sekvensversjonene i stor grad atskilt i stedet for å slå dem sammen til én konsensussekvens. Dermed bevares genetiske forskjeller mellom haplotypene, og senere studier får en mer detaljert referanse for genetisk variasjon og genomstruktur.

GenomeArk oppgir den ferdig kuraterte haplotype 1-sammenstillingen til rundt 1,37 gigabaser, altså 1,37 milliarder DNA-baser, og haplotype 2 til rundt 1,29 gigabaser, eller 1,29 milliarder baser. Begge inngår i den større datainfrastrukturen til Darwin Tree of Life, Sanger Institute Tree of Life og Vertebrate Genomes Project.

Dette er en ny haplotypeoppløst referanseressurs, ikke det første genomet som finnes for arten. Et separat skjærpiplerkegenom på scaffold-nivå er også tilgjengelig gjennom B10K-prosjektet for fuglegenomer. Darwin Tree of Life-sammenstillingene gir dermed to komplementære genomreferanser for framtidige studier innen sammenlignende genomikk og populasjonsgenomikk.

Kilder og bildekreditering

  1. NCBI. (2026). Anthus petrosus (rock pipit) genome assembly, bAntPet1 haplotype 1 (BioProject PRJEB122690).Primary repository record registered 26 July 2026 for bAntPet1 haplotype 1.
  2. NCBI. (2026). Anthus petrosus (rock pipit) genome assembly, bAntPet1 haplotype 2 (BioProject PRJEB122691).Primary repository record registered 26 July 2026 for bAntPet1 haplotype 2.
  3. GenomeArk. Anthus petrosus — bAntPet1 haplotype assemblies.Repository page listing curated haplotype 1 and haplotype 2 assemblies at approximately 1.37 Gb and 1.29 Gb, respectively.
  4. NCBI. B10K Avian Genome Assemblies (BioProject PRJEB110064).Repository record showing a separate scaffold-level Anthus petrosus assembly was already available through B10K.

Bilde: Skjærpiplerke (Anthus petrosus) på Hornøya i Finnmark, Norge, 7. juni 2026. Foto: Lucwrte / Wikimedia Commons. CC BY-SA 4.0. Representativt artsbilde; ikke individet som ble brukt til genomsammenstillingene. · CC BY-SA 4.0 · Kilde

Om innholdet: Denne saken er produsert med KI-assistanse i en redaksjonell arbeidsflyt utviklet av Wildlife Vagabond. Det redaksjonelle ansvaret ligger hos Wildlife Vagabond.Slik brukes KI

Genetikk & genomikk

ARTER I SAKEN

Arten i saken

Skjærpiplerke Anthus petrosus Utforsk arten

Uavhengig nyhetsarkiv for forskning og naturvern

Var denne informasjonen nyttig?

Wildlife Vagabond er utviklet og vedlikeholdt uavhengig. Frivillig støtte bidrar til kildekontroll, drift og videre arbeid med forsknings- og naturvernnyheter.

Støtt Wildlife Vagabond

Nyhetsarkivet forblir fritt tilgjengelig.